如果有人問我，你能不能用簡單幾句話，說出讀《萬曆十五年》給我的感悟，那麼，我要說的這句話就是，中國傳統文明，已經越來越像一張碩大無朋的、無形而又無所不在的網，它把所有的人定格在這個網絡的每一個格子裡，讓他只能以他必須遵從的方式去說話，去行動，去追求，去哭，去笑。如果不是這樣，他將無法在這一個社會裡生存下去，然而，一旦他這樣做了，他可以生活下去，但他的命運與從此早已經註定了。 “天網恢恢，疏而不漏”。

例如，張居正是少有的能干人，他深受皇帝信任，位極人臣，並能利用這種信任去做一番大事業，可惜他注定要成為死後的製度犧牲品，明代取消宰相一職，張居正只能是皇帝的顧問，而並無正式的決策權與任免權（見本書73頁），這一特殊地位與角色，使他不得不“名不正則言不順”地去引用私人，以造成一個推進他的事業的文官派系，並玩弄一些不那麼中規中矩的手段。其結果就是，凌駕於官僚群體之上的他，必然結怨甚多，在道理上自然會惹人口實，死後被他的政敵清算一空。

取代張大學士的首輔申時行，頗懂得在朝中的放低身姿的為官之道，是個“和稀泥”的好手，也許在當時情形之下這算是既明哲保身，又能調節人事關係的最合適的做法，然而，在處處受到體制與人事關係的約束的條件下，他的妥協又被政敵攻擊為“只顧目前適應，放棄原則”（84頁）。

在作者的解讀下，明朝皇帝也並不是天生的壞人，萬曆皇帝，以及正德皇帝，這兩個皇帝，同樣是有七情六欲的大活人，帝國的網卻使他們的人性與制度發生持續的衝突，並變得越來越不近人情。在與強大的文官制度的較量中，正德皇帝狡詰而叛逆，放蕩而浪漫，如果活在現代，他可能會是一個好的棒球運動員，然而不幸他生於那個環境，精力充沛的他為了擺脫宮中無趣的生活而居然御駕親征，竟封自己為威武大將軍。而萬曆皇帝，由聰慧好學、有遠大抱負而逐漸變得心灰意懶，成為中國歷史上數十年不上朝的最不負責的天子，並種下了明帝國敗亡的最初的種子。

同樣，模範官員海瑞、不知疲倦的大將軍戚繼光、哲學家李贄等人，則在理想與現實的衝突中飽受煎熬，這些人最終都沒有做到功德圓滿，有的甚至身敗名裂。為什麼明帝國上至天子，下至百官中的這樣一些傑出人物都會遭受這樣的命運？這是因為，由我前面所說的“天網”已經日益牢固地束縛著人們。這個天網就是由儒家的道德說教，複雜而繁瑣的禮儀、百官必須遵守的各種官場規矩與潛規則，以及用作者所說的祖宗傳下來因而不可更改的“原始而簡單的製度”（ 179頁）。

在作者看來，“皇帝的職位是一種應社會需要而產生的機構，而每一個皇帝又都是一個個人”，作者所的這句話，使人們把批判的視角，從一個一個的具體歷史人物，轉移到更深刻的社會背景上去。作者還進而指出，“當日的製度已至山窮水盡，上自天子，下至庶民，無不成為犧牲品而遭殃受禍。”這句話遠比對封建主義專制體制的抽象批判更有說明力。